事業主を対象とした質問ですね。　

　平成２９年６月３０日までに購入した仮想通貨は、その全額が仕入税額控除の対象となります。

　一方で、６月３０日時点で保有している仮想通貨は７月以降に売却するとその譲渡は非課税となります。

　貴社が簡易課税方式でなく原則課税方式によっている場合には、消費税の納税額が減少することになります。

　しかし、駆け込み購入による仕入税額控除を防止するために、６月３０日時点で１００万円（税抜）以上の仮想通貨を保有する場合において、その保有残高が６月中の平均保有数量よりも増加したときは、その増加部分については仕入税額控除を認めないこととしています。

　課税の公平性を考慮した取扱いとなっております。

※上記記事は、２０１７年７月末現在の税法等の諸法令及び判例等に基づいたものですが、解釈については私見もありますので、ご承知ください。