人間ドックなどの費用は、治療が伴わず単なる健康診断の費用であるため医療費には該当しません。

しかし、人間ドックによる診断の結果、重大な病気が発見され、引き続きその治療に入ることになった場合は、治療のための診断であるという意味を持ち、医療費控除の対象となります。

健康診断や予防接種は、健康の保持増進及び疾病の予防であり、医療費には該当しません。

ただし、①特定健康診査（いわゆるメタボ健診）、②予防接種、③定期健康診断（事業主健診）、④健康診査（いわゆる人間ドック）、⑤がん検診のいづれかを受けている者が、平成29年1月1日から平成33年12月31日までの間に、特定一般用医薬品等（いわゆるスイッチOTC医薬品）購入費用を年間1万2千円を超えて支払った場合には、その購入費用（年間10万円を限度）のうち1万2千円を超える金額を所得控除できる医療費控除の特例ができました。

この制度を受ける場合には、従来の医療費控除は受けることができないため、従来の医療費控除との選択適用となります。